Если у вас возникли сложности с курсовой, контрольной, дипломной, рефератом, отчетом по практике, научно-исследовательской и любой другой работой - мы готовы помочь.
Предоплата всего
Подписываем
Перемещение, Вращение и Масштабирование Молекул
Полученные в этом уроке навыки
• Перемещение относительно x, y и z осей
• вращение относительно x, y и z осей
• увеличение и уменьшение молекул
• изменение размеров плиты Z отрезания
Урок 4 объясняет перемещение молекул, используя инструменты Вращение, Перемещения и Увеличения.
При повторном открытие HIN файла, если файл, который Вы сохранили в Уроке 3, propene.hin, все еще показывается в рабочем пространстве, пропустите описание следующей секции. Иначе, повторно откройте файл.
Повторно открыть файл:
1. Если необходимо, повторно откройте HYPERCHEM.
2. Выбрать Open на меню File.
Ячейка диалога Open File появляется.
3. Используя ячейку списка директорий, двигайтесь в директорию(папку), в которой Вы сохранили propene.hin на 3Уроке.
4. Просмотрев список файлов, сделайте двойной щелчок на propene.hin.
Ячейка диалога исчезает. Через некоторое время, молекула появляется в рабочем пространстве.
Удалять маркировку атома:
1. Выбрать Labels на меню Display.
Ячейка диалога Labels открывается.
2. Выбрать как обозначение None.
Вы используете инструмент XY перемещения, чтобы переместить молекулы или отобранные атомы в плоскости компьютерного экрана.
Вы можете управлять этим инструментом различными способами, также как большинством инструментов на панели Инструментов. В этом упражнении, Вы сделаете XY перемещение сначала L-щелчком, перемещающимся в рабочее пространство, а позже, определяя значение в ячейке диалога перемещения Translate..
Использовать инструмент XY перемещения:
1. Сделайте L-щелчок на инструменте XY перемещения .
2. Переместить курсор в рабочее пространство.
Курсор принимает форму инструмента XY перемещения.
3. Сделайте Л-перемещение молекулы, чтобы оно напоминало это:
4. Откройте ячейку диалога Translate одним из двух способов:
ячейка диалога Translate появляется:
5. Сделайте L-щелчок в текстовой ячейке dx и напишите -5.0.
6. Сделайте L-щелчок в текстовой ячейке dy и напишите 0.0.
7. Нажать клавишу [Tab].
8. Напишите 0.0 в текстовой ячейке dz и сделайте L-щелчок на OK.
Молекула перемещается в левую сторону экрана 5.0 Ангстрем.
В предыдущем упражнении, Вы переместили молекулу назад и вперед поперек плоскости компьютерного экрана, сделав L-перемещение инструмент XY перемещения поперек рабочего пространства и, открывая ячейку диалога Перемещения.
В этом упражнении, Вы перемещаете молекулу к Вам и вдаль от Вас (по z оси) используя инструмент Z перемещения.
Использовать инструмент Z перемещения:
1. На меню Display, выберите Rendering, и удостоверитесь, что опция Perspective включена в ячейке диалога Rendering.
С опцией Perspective рассматривают все молекулы, кажущиеся в перспективе.
Более близкие атомы кажутся большими. Вы должны пометить Perspective прежде, чем Вы используете инструмент Z перемещения, чтобы просматривать любой результат.
2. Выбрать OK к закрытию этой ячейки диалога.
3. Сделайте L-щелчок на инструменте Z перемещения .
4. Переместите указатель в рабочее пространство.
Указатель принимает форму инструмента Z перемещения.
5. Сделайте Л-перемещение медленно к основанию рабочего пространства.
Молекула перемещается ближе к Вам.
6. Продолжить перемещать молекулу, пока она полностью не исчезает.
Молекула больше не появляется, потому что Вы переместили её из плиты Z отрезание. Позже Вы изучите, как регулировать плоскости Z отрезания.
7. Открыть ячейку диалога Translate любым способом:
• выбирая Translate на меню Edit.
8. В dx и dy текстовых ячейках, напишите 0.
9. В текстовой ячейке dz, напишите -5, и нажмите OK.
HYPERCHEM перемещает молекулу, на 5Å вдаль от Вас и молекула вновь появляется в рабочем пространстве. (Вы должны повторить этот шаг, чтобы заставить молекулу вновь появиться, если Вы переместили её намного ближе чем в шаге 5.)
10. Нажать [Spacebar], чтобы заново сосредоточить молекулу в рабочем пространстве.
Чтобы увеличивать или уменьшать усиление молекулы, используйте Zoom tool. Он полезен, например, когда Вы хотите исследовать детали структуры большой молекулы.
Пока Вы управляли инструментами в панели Инструментов, L-перемещая в рабочем пространстве, или, определяя специфическое значение в ячейках диалога.
Вы можете также управлять инструментами, типа Zoom, используя клавишу [Shift] и изображение инструмента.
Использовать Zoom tool:
1. Придержать вниз клавишу [Shift] и сделать L-щелчок около верхней правой части изображения Zoom tool.
Молекула становит меньше.
2. Продолжить удерживать на нужном уровне клавишу [Shift] и сделать L-щелчок около основания левого изображения.
Молекула увеличивается , пока не напоминает это:
Помните, Вы можете также управлять Zoom tool
• используя ячейку диалога Zoom, или
• сделать L-перемещение инструментом Zoom в рабочем пространстве.
Когда молекулярная система сначала загружена из файла, она сосредоточена в рабочем пространстве в стандартном размере. После того, как Вы используете инструменты Translation или Zoom , Вы можете возвращать её к первоначальному размеру и сосредотачивать её в рабочем пространстве, используя опцию Scale to Fit.
Сосредотачивать и масштабировать молекулу:
Молекула возвращается первоначальному размеру и помещена в центр рабочего пространства.
Обратите внимание: Вы можете получить тот же самый фактор лупы, как и Scale to Fit без того, чтобы сосредоточить систему, вводя в значение 1 в ячейке диалога Zoom .
Чтобы вращать одну или большее количество молекул вокруг x или y оси или обеих осей, используйте инструмент XY вращения.
Вращать молекулу по x и y осям:
1. Сделайте L-щелчок на инструменте XY вращения.
2. Переместить курсор в рабочее пространство.
3. Использовать диалог Labels на меню Display, чтобы присоединить символы к атомам, для ясности.
4. Сделать горизонтальное Л-перемещение.
Молекула вращается вокруг y оси.
5. Сделать вертикальное Л-перемещение.
Молекула вращается вокруг x оси.
6. Сделать Л-перемещение по диагонали, чтобы вращать молекулу вокруг и x и y оси.
7. Вращать молекулу, пока она не напоминает это:
С инструментом Z вращения, Вы можете вращать молекулы вокруг z оси.
Вращать молекулу по z оси:
1. Сделать L-щелчок на инструменте Z вращения.
2. Сделать Л-перемещение горизонтально направо в рабочем пространстве.
Молекула перемещается по направлению часовой стрелки.
3. Сделать Л-перемещение горизонтально налево.
Молекула перемещается в направлении против часовой стрелки.
Обратите внимание: L- перемещение вертикально не имеет никакого результата.
Инструмент Z отрезания помогает Вам посмотреть молекулы внутри, показывая Вам атомы в пределах "пластины" молекулы.
"Пластина" или «плита отрезания» для молекулярной системы имеет фронт и обратную плоскость, которые являются параллельными друг другу и компьютерному экрану. Только атомы между плоскостями видны.
Скрытая плита отрезания устанавливает плоскости отрезания так, чтобы Вы могли видеть полную молекулу или молекулярную систему.
Чтобы помочь Вам увидеть, где находится плита отрезания, ячейка диалога Z Clip, показываете Вам представление системы с плоскостями отрезания позади и перед молекулой. Она также позволяет Вам изменять значения в интерактивном режиме или устанавливать видимые значения для обеих плоскостей.
Изменить плиту отрезания, используя ячейку диалога Z Clip:
1. Сначала, вращайте молекулу так, чтобы бензольное ядро ориентировалось вдоль фронта, отрезающего плоскость, подобно этому:
2. Двойной щелчок на инструменте Z отрезания .
Ячейка диалога появляется:
3. Войдите в ячейку , которая управляет отрезанием обратной плоскости.
4. Сделайте Л-перемещение в ячейке вниз до задней стороны молекулы
Когда Вы перемещаетесь в ячейке, изменяются значения в текстовой ячейке Slab для отрезания задней плоскости.
5. L-щелчок на OK.
Ячейка диалога исчезает. Задняя часть молекулы отрезана в рабочем пространстве.
6. Двойной щелчок на инструменте Z отрезания , чтобы снова открыть ячейку диалога Z Clip.
7. Установите стрелку курсора на полоске для отрезания задней плоскости.
8. Сделайте L-щелчок на стрелке до плоскости - позади молекулы, и затем нажмите OK.
Целая молекула видна снова.
Вы можете также изменять плиту отрезания и без того, чтобы использовать ячейку диалога Z Clip.
Изменять использование мыши для плиты отрезания:
1.Сделать L-щелчок на инструменте Z отрезания.
2. Л-перемещение в рабочем пространстве.
На линии состояния видно значение фронта, отрезающего плоскости.
3. Продолжить L-перемещение вплоть до отрезания передней части молекулы. Это случается, когда плоскость отрезания достигает относительно 53Å.
4. Л-перемещение вниз до появления снова целой молекулы.
Фронт, отрезающий плоскость - перед молекулой снова.
Очищать рабочее пространство:
1. Выбрать New на меню File.
2. Если HYPERCHEM спрашивает, Вы хотите сохранить ваши изменения?, выбирать No.
Этот выбор очищает экран.
Практические примеры
Пробуйте некоторых из этих практических примеров:
1. Вращать и перемещать молекулу, в то время как опция Show Inertial Axes на меню Display включено.
2. Если Вы имеете несколько молекул на экране, Вы можете выбирать одни из них, выбирая Molecules на меню Select, и вращать её одну вокруг центра масс, используя R-перемещение вместо Л-перемещения.
3. Выбрать цепь одной стороны молекулы, и использовать инструмент Z вращения, чтобы вращать сторону цепь, используя R-перемещение.
4. Изменить отрезание Z плиты, вводя другие удельные величины в ячейке диалога Z Clip.