Защита зон осуществляется плагином WorldGuard.
Чтобы защитить зону, сначала её необходимо выделить.
Выделение зоны производится деревянным топором (вводим команду //wand ).
 
Любая зона, выделенная WorldGuard представляет собой Параллелепипед (или кубоид). То есть, он может быть прямоугольный, квадратный, и так далее, но не может быть сложной формы. В игре он выделяется всего двумя точками.
На данной картинке этими точками являются A и G.


Базовый способ выделить регион:
В один куб ткнуть левой кнопкой с деревянным топором в руке, а в другой куб - правой кнопкой. Это будут крайние противоположные точки нашего кубоида - A и G с картинки.
Однако такой способ не всегда удобен. Он вынуждает строить высокие столбы и копать глубокие ямы.

Чтобы облегчить этот труд:
//expand <длина> <направление> - Эта команда расширяет регион в заданную сторону.
Пример: //expand 5 up - Расширим выделение на 5 кубов вверх.

//contract <длина> <направление> - Уменьшает выделение региона в заданную сторону.
Пример: //contract 5 up - Уменьшим выделение на 5 кубов снизу вверх

Возможные направления:
1. up
2. down
3. me

Первые два расширяют вверх и вниз, а последний туда, куда вы смотрите.
Команда contract нуждается в дополнительных комментариях.
Если указать направление me, то регион уменьшится на заданное число ОТ вас. Соответственно если указать сторону up, то регион уменьшится снизу вверх, то есть нижняя граница поднимется вверх. Еще есть третий аргумент, между первым и последним. Он позволяет указать величину сокращения региона с другой стороны, в другую сторону.

//shift <длина> <направление> - Сдвигает все выделение.
Пример: //shift 5 down - Сдвинет выделение на 5 кубов вниз

Есть еще один способ указать эти две точки.
Команды:
//hpos1
//hpos2

Устанавливают точки в тех кубах, на которые вы смотрите, то есть куда направлен крестик в центре экрана.
Каждый раз когда вы изменяете выделение, в скобочках, в конце строки, показывается сколько всего кубов в выделеном вами регионе.

Когда вы выделите кубоид, можно сохранить его за вами:
/region claim <имя региона> - Сохраняет выделенный кубоид как регион с указанным именем.

У каждого региона есть владельцы(owner) и члены(member). Владельцы могут изменять параметры региона, и добавлять членов и других владельцев. Когда вы создаете регион, вы автоматически записываетесь во владельцы.
Чтобы записать во владельцы или члены региона, используются команды:
/region addowner <регион> <ник1> <ник2> и т.д.
Пример: /region addowner TestRegion Player1 Player2

/region addmember <регион> <ник1> <ник2> и т.д.
Пример: /region addmember TestRegion Player1 Player2

Для удаления:
/region removeowner <регион> <ник1> <ник2> и т.д.
Пример: /region removeowner TestRegion Player1 Player2

/region removemember <регион> <ник1> <ник2> и т.д.
Пример: /region removemember TestRegion Player1 Player2

Внимание, скобочки < > НИГДЕ писать не нужно.

Регионам можно задать дочерние и родительские регионы:
/region setparent <регион> <регион-родитель> - В данном случае "регион" становится дочерним регионом региона "регион-родитель".

Для такого объединения нужно быть в списке владельцев обоих регионов.
Чтобы удалить родительскую связь, нужно просто не указать родительский регион, то есть /region setparent <регион>.
Если просто выделить один регион внутри другого, они не будут дочерним и родительским.
Только владелец старого региона может выделить новый регион, частично перекрывающий старый.

Если вы ошиблись при разметке региона, и уже сохранили его, то его можно выбрать как выделение с помощью команды:
/region select <регион>

Сохранить изменения в регионе можно снова написав:
/region claim <регион>

Удалить регион можно с помощью команды:
/region delete <регион>

Теперь обычные пользователи тоже могут ставить флаги, но это могут делать только владельцы региона.
Флаги ставяться командой:
/region flag <регион> <флаг> <значение>

Флаги:
pvp - Возможно ли PvP в данной зоне
use - Использование механизмов, дверей
chest-access - Использование сундуков
water-flow - Растекание лавы
lava-flow - Растекание воды
lighter - Поджигание зажигалкой
Значения:
deny - отключено
none - такой же флаг как и не в приватной зоне
allow - включен

Команда - /region info <регион> - выводит список овнеров и мемберов указанного региона, и еще некоторую информацию.
Вы всегда можете узнать, принадлежит ли куб к региону, тыкнув ниткой  (пкм) по кубу
Вам выведется:
"Can you build? No. или Yes."