Если у вас возникли сложности с курсовой, контрольной, дипломной, рефератом, отчетом по практике, научно-исследовательской и любой другой работой - мы готовы помочь.
Предоплата всего
Подписываем
биохимия 2008
пауэрд бай коля кукушкин.
N-формилметионин.
Пептидилтрансферазой. Впрочем, это сборное название разных белковых комплексов, ассоциированных с рибосомой, причём сейчас считается, что основная функция в процессе принадлежит не белкам, а рибосомной РНК, поэтому часто под пептидилтрансферазой имеют в виду рибозим 28S РНК.
Ужас! Вопрос сформулирован некорректно. По общепринятой номенклатуре моносахаридов, пятым считается атом углерода с заместителями H– и –CH2OH. Если поменять их местами, то получится a-L-идоза. Такой вариант есть в имеющемся у меня тесте. Но в пятом положении нет «Н- и ОН-». Если бы в данном случае нумерация начиналась от атома кислорода в кольце, то «пятым углеродом» был бы на самом деле четвёртый. В этом случае, если поменять водород и гидроксил местами, образуется a-D-галактоза. Но такого варианта в тесте не было. СКОРЕЕ ВСЕГО, имеется в виду всё-таки a-L-идоза.
Гексокиназы.
Сахарозы, инулина. Возможно, имеется в виду также фруктозо-6-фосфат и фруктозо-1,6-дифосфат, но это, согласитесь, всё равно что сказать, что мужик – компонент милиционера.
Изомеризация глюкозо-6-фосфата под действием глюкозо-6-фосфат-изомеразы (фосфоглюкоизомеразы).
Пируватдегидрогеназа, пируваткарбоксилаза, пируватдекарбоксилаза, лактатдегидрогеназа. Обратите внимание на последнюю: в данном случае пируват (пировиноградная кислота) является субстратом обратной реакции, катализируемой этим ферментом (прямая – восстановление пирувата до лактата).
АТФ, 1,3-дифосфоглицерат, фосфоенолпируват. С очень большой натяжкой можно считать «макроэргическим» NADH (макроэрг – очень размытое и неточное понятие).
Ацетил-СоА, Сукцинил-CoA.
Триацилглицериды. Помимо них есть ещё вариант «жирные кислоты». С одной стороны, только в них, по сути, энергия и хранится. С другой стороны, сами по себе они никак не откладываются. Так что я в раздумьях.
Ацетил-CoA (чётные жирные кислоты), для нечётных: также ацетил-CoA, но в конце ещё и пропионил-CoA. Проблема в том, что в ходе дальнейших процессов пропионил-CoA переводится в сукцинил-CoA, а такой вариант тоже есть в тесте. Но, наверное, это не предусмотрено как стадия b-окисления.
Полидезоксинуклеотид (но не идентичный матрице, как в тесте, а комплементарный ей), пирофосфат.
Адский вопрос. Мне удалось найти по крайней мере четыре известных способа биосинтеза дезоксирибозы. Из них, похоже, формально только восстановление рибозо-5-фосфата подходит под определение. Но этот путь, похоже, какой-то очень экзотический, а основной путь синтеза дезоксирибонуклеотидов – восстановление нуклеозиддифосфатов (NDP): ADP, GDP, CDP, UDP (из него сначала dUDP, а из него уже dTDP)
Пурин синтезируется на уровне нуклеотидов, т.е. сразу на рибозе (вернее, на фосфорибозилпирофосфате, так что с большой натяжкой можно и его назвать предшественником). Предшественниками являются глицин, глутамин, аспарагиновая кислота (в тесте этих троих вроде бы объединяют под общим термином «аминокислоты»), а также CO2 (HCO3–) и 10-формил-тетрагидрофолат (10-формил-THF), причём из последнего переносится только «формил» – одноуглеродный фрагмент.
Ребята, дело плохо. В тесте в качестве ответа фигурирует рибозо-5-фосфат, т.е. синтез пуринов берётся с точки, где пуринами ещё и не пахнет. Видимо, составители теста под словом «пурины» подразумевают даже не азотистые основания (аденин, гуанин), а пуриновые нуклеотиды (или нуклеозиды). На самом деле, как вы понимаете, пурин – это совершенно конкретное гетероциклическое соединение безо всяких там рибоз и фосфатов. Но отвечать нужно «рибозо 5 фосфат»
Вообще говоря, в целом рыбы выделяют аммиак. Однако по крайней мере у некоторых хрящевых рыб (акулы точно) конечным продуктом является мочевина. Не знаю, является ли такой ответ предусмотренным в тесте.
цАМФ и цГМФ. Инозитолтрифосфат, указанный в старых ответах – это не нуклеотид.
Оказывается, в тесте в этом месте нужно выбрать только один вариант. Поэтому, притом, что вторичная мессенджеровость цГМФ ни у кого сомнений не вызывает, выбирать, всё-таки, нужно, по-видимому, цАМФ, причём 3’-5'-цАМФ. По принципу максимальной известности.
Для биологической подвижности, синтеза АТФ, осмотической работы, генерации тепла. В старых ответах отмечен ещё биосинтез макромолекул, но мне это кажется ерундой. Беглый поиск ничего подобного не дал. Насчёт электрической работы я пребываю в сомнениях, наверное да, чисто логически. Вроде бы там же ещё и транспорт АТФ, АДФ, Pi. Но тут я не уверен.
Теперь уверен в следующем: АТФ и АДФ транспортируются в антипорте безо всякого дельта мю аш. А вот фосфат переносится засчёт градиента протонов, то есть как раз с использованием обсуждаемой формы энергии. Т.е. отвечать нужно так: синтез АТФ, транспорт Pi.
Друзья, предполагается, что все мы (включая ВНД-шников, зоологов, гидробиологов, а уж биохимики – вообще необсуждаемо) помним pKa всех аминокислот. Вообще говоря, для любой аминокислоты при любом pH все молекулы не будут иметь какой-либо один определённый заряд; вопрос в соотношении разных зарядов. Так вот, при pH 12 преобладать положительно заряженные молекулы будут только у аргинина. Ближе всего к нему подходит лизин, у которого pKa3 10.5, что означает, что при pH 12 в растворе лизина будет очень мало положительно заряженных молекул, но всё же значительное количество по сравнению с другими аминокислотами.
Советую всем выучить однобуквенные обозначения аминокислот. Аргинин обозначается как R. Ответ остаётся в силе, тем более, что в вариантах старого теста лизина нет.
NAD+ (и все вариации: NADH, NADP+, NADPH), FAD (и все вариации: FADH2, FMN), S аденозилметионин (SAM), CoA, АТФ, РНК. Кроме того, аденозин содержат цАМФ, АДФ, но здесь опять-таки милиционер, содержащий мужика (хотя и АТФ, в сущности...)
СО2, GTP, NADH + H+, FADH2.
Аденин, гуанин, цитозин, тимин, урацил, гипоксантин (входит в состав инозина – минорного нуклеотида), псевдоурацил, дигидроурацил.
Забыл добавить сюда ещё флавин (входит в FAD и FMN) и никотинамид (входит в состав NAD+). Более того, в тесте есть табличка, где нужно отметить, у кого входит в состав пиридин. На самом деле, я такого вообще не припоминаю, но наиболее близок к пиридину именно никотинамид (это замещённый пиридин), так что, вероятно, разработчики ожидают услышать про NAD. Но: в таком случае в вопросе «какие азотистые основания входят в состав природных нуклеотидов» нужно, опять-таки, указывать пиридин! Что противоречит здравому смыслу.
Что касается инозина, то тут большой вопрос. С одной стороны, это может быть вопрос-ловушка. Потому что инозин – не азотистое основание, а весь нуклеотид, основанием в составе которого является гипоксантин. С другой стороны, разработчики теста, уже неоднократно уличённые в некомпетентности, могли запросто подумать, что если «аденин» и «аденозин» звучат похоже, то и инозином азотистое основание назвать – не особый грех. Так или иначе, если напишете, что инозин – не азотистое основание, потом запросто сможете это доказать, а вот наоборот...
На стадии карбоксилирования ацетил-CoA с образованием малонил-CoA (ацетил-CoA-карбоксилазная реакция)
Лейцин, изолейцин, валин. Аланин под большим вопросом – он формально имеет углеводородный остаток, но о насыщенности ничего нельзя сказать, а вклад его в гидрофобные взаимодействия весьма сомнителен, так что скорее всего его тут нет.
Надеюсь, тут не придётся перечислять все неорганические катализаторы, так что, скорее всего, прокатят белки (ферменты) и РНК (рибозимы). В старом тесте есть варианты «нуклеиновые кислоты» (формально да, но тогда под подозрение попадает и ДНК, что непорядок) и «рибосомы» (ну вот у меня как-то не поворачивается язык назвать рибосомы соединениями; кроме того, в таком случае получается, что варианты перекрываются). Непонятно.
Температура, рН, концентрация субстрата, концентрация фермента, ингибиторы и кофакторы.
Небольшой (обычно 3–4 аминокислоты) участок фермента, непосредственно осуществляющий катализ реакции. Но такое определение очень размыто, конечно. Вообще я нашёл текст следующего характера, кажется, он соответствует общепринятому:
В активном центре различают две зоны: центр связывания, ответственный за присоединение субстрата, и каталитический центр, отвечающий за химическое превращение субстрата. Центр связывания обычно имеет вид углубления, сформированного на поверхности белковой молекулы определенным расположением аминокислот. В состав каталитического центра большинства ферментов входят такие аминокислоты, как серин, цистеин, гистидин, тирозин, лизин. Сложные ферменты в каталитическом центре имеют кофактор или кофермент.
Из имеющихся вариантов – для транспорта АДФ и Pi.
В связи с новыми данными по митохондриальным насосам, эти два варианта вроде как отпадают, и я даже уже и не знаю, что нужно отвечать. Ну и ладно, в наиболее адекватном варианте теста вообще нет такого вопроса.
α-кетоглутарат, оксалоацетат.
Я убрал сукцинат, его тут быть не должно, извините. В реакциях переаминирования учавствуют аминокислоты и кетокислоты.
Аминокислота, связанная с тРНК, в А-центре (аминогруппа) и растущая цепь, связанная с тРНК, в P-центре (карбоксильная группа).
Т.е. (для недогадливых), аминоацил-тРНК и пептидил-тРНК
АТФ.
Не могу сказать, что я хорошо понимаю вопрос, но, наверное, имеется в виду «почему используется так мало нуклеотидов, когда, например, в тРНК вполне хорошо себя чувствуют минорные нуклеотиды». В этой связи логичным представляется ответ из старого блока: разнообразие определяется тем, нужно ли нуклеиновым кислотам быть комплементарным друг другу (ДНК, мРНК, мя РНК, рРНК), или же работать сразу с несколькими системами передачи информации (тРНК).
Всё, конечно, оказалось проще. Вот что от нас хотят услышать: природой моносахарида (рибоза/дезоксирибоза), природой заместителей в гетероциклических основаниях. На самом деле, есть ещё вариант «природой химических связей между компонентами мономерных нуклеотидов». Составители теста, скорее всего, предполагают, что связи между всеми компонентами, в том числе между сахаром и азотистым основанием, всегда одинаковые. Однако в последнем случае есть одна маленькая каверза, и эта каверза – псевдоурацил. Если во всех остальных нуклеозидах связь между сахаром и основанием – N-гликозидная, то здесь она C-гликозидная. Так что, опять-таки, оставляю на ваше усмотрение, может ли минорное основание в составе тРНК поколебать общее правило.
Отщепление сигнального пептида, образование дисульфидных связей, изомеризация связей с пролином (в белках в основном транс-ориентация связей, а в случае с пролином это определяется случайным образом, и, следовательно, необходимо «выправить» цис-изомеры), перенос олигосахаридов (гликозилирование), фосфорилирование, ацетилирование.
Репликация ДНК, транскрипция ДНК, обратная транскрипция РНК. Помимо этого много более специализированных вариантов типа полиаденилирования, действия TdT и др. (думаю, весь список должен быть довольно обширным). Что до эдитинга и сплайсинга, указанных в старых ответах, то тут вопрос спорный. Сплайсинг, думаю, можно отмести сразу, а вот эдитинг в некоторых вариантах включает инсерцию нуклеотидов. Другое дело, что называть это «синтезом полинуклеотидов» я бы не рискнул.
Могут ли полипептиды образовываться из свободных аминокислот?
Если под «свободными аминокислотами» понимаются вообще никак не модифицированные и ни с чем не связанные аминокислоты, то нет. Если под ними понимаются аминокислоты, не связанные с тРНК, то да. Существует группа нерибосомных пептидов. В основном они небольшие, но некоторые (цианофицин) могут быть огромными и, следовательно, имеют право называться полипептидами.
Ферменты, рибозимы.
Да. Их довольно много. Примерами могут быть: синтез пуриновых нуклеотидов, карбамоилфосфатсинтазная реакция, большинство реакций карбоксилирования.
Ну вообще, наверное, да, потому что клеток без липидов не бывает. Другой вопрос – насколько они токсичны для разных организмов, у всех свои защитные механизмы. Но вообще очень странный вопрос.
См. выше: да, могут.
Ацетил-CoA.
Да. Те же активные формы кислорода. Помутнение хрусталика (старческая катаракта): глюкоза реагирует с аминогруппами белков, после чего происходят сложные неферментативные циклизации с формированием связок между белками. Черствление хлеба – тоже неферментативный процесс. Я понимаю, что всё это звучит по-идиотски, но я переписываю из конспекта первого курса.
Как можно определить понятие «метаболизм»?
Стандартное определение для нормальных людей: совокупность химических реакций синтеза и распада, протекающих в живом организме. Мудрёное высосанное из пальца определение для зануд (©Г. Г. Вольский, курс «Пути метаболизма»): обмен веществ, энергией и информацией между живым организмом, как термодинамически открытой системой, и окружающей средой.
Какие соединения являются специфическими химическими компонентами для каждого индивида?
Полинуклеотиды, прежде всего ДНК.
Какие типы соединений снижают энергию активации химических реакций, протекающих в живых организмах?
Ферменты.
Какие соединения являются универсальными энергетическими мессенджерами?
АТФ. Но определение очень расплывчато. В сущности, я не вижу причин, почему бы не считать универсальными энергитическими мессенджерами любые высокоэнергитические соединения.
Какие соединения являются конечными продуктами окисления глюкозы в живом организме?
CO2, H2O. Что касается АТФ, NADH и прочего, не думаю, что здесь будет правильным их упоминать.
Как называют процесс биосинтеза глюкозы из трехуглеродных молекул?
Глюконеогенез.
Какие соединения являются субстратами РНК-полимеразы?
Рибонуклеотидтрифосфаты.
Назовите типы протеиногенных аминокислот.
Можно разделить на заменимые/незаменимые, правовращающие/левовращающие, неполярные гидрофобные/полярные незаряженные/полярные заряженные, алифатические/ароматические/ гетероциклические и т.д.
Назовите группы азотсодержащих соединений.
Аминокислоты, нуклеотиды, нуклеозиды, азотистые основания, аминосахара (ацетилглюкозамин) и связанные с ними липиды (ганглиозиды), иминосахара, аминоспирты (холин, этаноламин) и связанные с ними липиды (фосфатиды, сфинголипиды). На самом деле, ещё многое другое, но где-то нужно остановиться.
Назовите типы азотистых оснований.
Пуриновые, пиримидиновые.
Расщедрюсь и отвечу на тестовые вопросы по табличкам и рисункам. Далее перехожу опять на чёрный.
Привести примеры различных протеиногенных аминокислот, соответствующих обозначенному типу.
|
Тип аминокислоты |
А.к. с полярными заместителями незаряженными |
А.к. с неполярными заместителями |
А.к. с заряженными заместителями |
|
А.к. с 3 углеродными атомами |
серин |
аланин |
– |
|
А.к. с 4 углеродными атомами |
треонин |
– |
аспарагиновая кислота |
|
А.к. с 5 углеродными |
глутамин |
валин |
глутаминовая кислота |
|
А.к. с 6 углеродными атомами |
– |
лейцин |
лизин |
Какого тиап азотистое основание входит в состав следующих соединений?
|
Тип азотистого основания |
ФАД |
НАДН |
Ацетил-КоА |
S-аденозилметионин |
|
флавин |
+ |
|||
|
пиридин |
видимо, здесь предполагается плюс. Обсуждение см. выше. |
|||
|
аденозин |
+ |
+ |
+ |
+ |
Какому этапу трансляции соответствуют следующие реакции:
|
реакции |
Образование пептидной связи |
Гидролиз пептидил -тРНК |
Связывание формилметионин -тРНК |
Связывание м-РНК с рибосомальным комплексом |
|
Инициация |
+ |
+ |
||
|
Элонгация |
+ |
|||
|
Терминация |
+ |
На каком этапе транскрипции протекают следующие реакции?
|
Название этапа |
Замыкание первой фосфодиэфирной связи |
Рост полинуклео-тидной цепи |
Диссоциация полимераз-ного комплекса |
Сборка полимеразного комплекса. |
|
1. инициация |
+ |
Вообще-то, преинициация. Но, видимо, тут плюс. |
||
|
2. элонгация |
+ |
|||
|
3. терминация |
+ |
Какие макроэргические соединения активируют субстраты, участвующие в биосинтезе?
|
Тип реакций |
Биоситнез полипептидов |
Биосинтез полинуклеотидов |
Биосинтез фосфолипидов |
Биоситнтез полисахаридов |
|
АТФ |
+ |
+ |
||
|
УТФ |
+ |
|||
|
ЦТФ |
+
|
Какие из представленных соединений являются макроэргическими соединениями?
Слева направо, сверху вниз: нет, да (фосфоенолпируват), нет, да (дифосфоглицерат).
Какие из четырех пептидов входят в состав белков?
Только 1.
1 2
3 4
Какие из представленных продуктов являются продуктами окисления насыщенных жирных кислот?
2, 4. И то, и то – промежуточные продукты.
Какие химические соединения являются субстратами или продуктами ферментативных реакций 1. гликолиза, 2. глюконеогенеза, 3. гликогенолиза? Под каждой формулой поставьте номера метаболических циклов.
Слева направо, сверху вниз: отмечено на рисунке.
* Смотря что считать началом гликолиза. Классический гликолитический путь не включает глюкозо-1-фосфат. Однако последний подключается туда несколькими дополнительными реакциями.
** Смотря что считать концом гликогенолиза. Если только расщепление гликогена – то оно заканчивается образованием глюкозо-1-фосфата. Но в следующей реакции он изомеризуется до глюкозо-6-фосфата.
Какие химические соединения являются субстратами или продуктами ферментативных реакций 1.гликолиза, 2. биосинтеза триацилглицеролов, 3. глюконеогенеза. Под каждой формулой поставьте номера метаболических циклов.
* Только если включать в синтез триацилглицеролов ещё и синтез жирных кислот.
Какие химические соединения являются субстратами или продуктами ферментативных реакций 1.цикла трикарбоновых кислот, 2. окислительного декарбоксилирования пирувата, 3. биосинтеза мочевины. Под каждой формулой поставьте номера метаболических циклов.